Trong phản ứng với các báo cáo của Úc, Hải quân Hoàng gia Malaysia (RMN) và tàu MMEA, đã được đưa vào trạng thái sẵn sàng đã được triển khai tới khu vực, vào ngày 19 tháng Sáu, tàu chở dầu đã được phát hiện tại 9°10′B 103°10′Đ / 9,167°B 103,167°Đ / 9.167; 103.167.[ghi chú 1] Những tên cướp biển trên tàu chở dầu hướng dẫn họ phải rút lui trong khoảng năm hải lý (9 km) từ các tàu chở dầu, và đe dọa giết gia đình của thuyền viên nếu thuyền trưởng của con tàu chở dầu làm rò rỉ kế hoạch 'cướp biển rời khỏi tàu chở dầu với các nhà chức trách Malaysia.[10][19] Những tên cướp biển cũng đã được "thực tế cầu xin" các nhà chức trách Malaysia để họ ra đi và tiếp tục "hành trình" của họ cho đến khi họ đến được đảo Natuna.[20] Sau một số cuộc đàm phán, tất cả những tên cướp biển đã trốn thoát trên một cứu hộ xuồng cứu sinh (được cung cấp bởi các RMN và tàu và máy bay MMEA) theo yêu cầu của họ. Các RMN và MMEA bảo đảm thành công tàu chở dầu tại 12:50 MST, với tất cả các thành viên của phi hành đoàn trong tình trạng an toàn ngoại trừ một người bị thương trong đùi của mình sau khi bị bắn bởi những tên cướp biển.[ghi chú 1][11][21]

Vài giờ sau, tám người Indonesia, người bị tình nghi là cướp biển đã được nhìn thấy gần Đảo Thổ Chu và khi họ được tiếp cận bởi các Bộ đội Biên phòng Việt Nam (VBDF) và Cảnh sát biển Việt Nam (VCG),[21][22] những người Indonesia tuyên bố họ đã từ một chiếc thuyền đánh cá bị chìm.[4][12] Các MMEA sau đó bắt đầu một cuộc điều tra về các vấn đề và hợp tác với các Chính phủ Việt Nam thông qua văn phòng Bộ Tư pháp và Bộ Ngoại giao để giao tất cả các nghi phạm tới Malaysia.[23] Tám người đã được xác nhận là những cướp biển sau khi được xác định bởi các thuyền viên bị thương, những người đã miêu tả hình ảnh của những người đàn ông,[24] cũng như với lời thú nhận của cướp biển trong khi thẩm vấn bởi chính quyền Việt Nam khi họ đã có được miêu tả và thông tin được cung cấp bởi nhà chức trách Malaysia.[25] Thủ tướng Malaysia Najib Razak và Bộ trưởng Bộ Nội vụ Ahmad Zahid Hamidi bày tỏ lòng biết ơn đến tất cả các bên liên quan trong việc đảm bảo việc giải cứu an toàn của tất cả 22 thành viên thuyền viên và bắt được những tên cướp biển. Họ cũng đã đệ trình một yêu cầu dẫn độ của kẻ xâm Malaysia từ Việt Nam và Indonesia.[3][26]

Tiếp tục điều tra của cơ quan chức năng Việt Nam đã kết luận rằng những tên cướp biển là chuyên nghiệp, dựa trên cách chúng tiến hành bằng cách tắt hệ thống Automatic Identification System (AIS) để hoạt động tội phạm của chúng không bị phát hiện và làm thế nào chúng được tìm thấy với tiền mặt trên chiếc tàu cứu hộ của chúng khi bị giam giữ bởi VBDF và VCG. MMEA cũng tiết lộ rằng có năm kẻ nữa (nâng tổng số lên 13), đã tham gia vào vụ cướp bằng cách sử dụng một tàu kéo để tiếp cận các tàu chở dầu và tất cả trong số chúng đã trốn thoát đến Batam, Indonesia nơi mà các tàu kéo đã được tìm thấy bởi các lực lượng hải quân Indonesia vào ngày 21 tháng Sáu.[27][28]